MAKA 1974-cü ildən “Kaspi” Elmi Mərkəzi kimi fəaliyyətə başlamışdır. Belə bir təşkilatın Azərbaycanda yaranması öz dövründə o qədər də asan məsələ deyildi. Lakin Azərbaycan gənclərinin gələcəyinə inamla baxan dahi siyasətçi, unudulmaz öndərimiz Heydər Əliyev bu çətin məsələnin öhdəsindən asanlıqla gəldi. Həmin dövrdə Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin Birinci katibi vəzifəsində çalışan H.Ə.Əliyev Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının (AMEA) nəzdində kosmik texnikanın vasitələrindən istifadə etməklə təbii ehtiyatların tədqiqi üzrə Mərkəzin təşkil edilməsi ilə bağlı SSRİ Nazirlər Sovetinə müraciət etdi. Belə bir təşkilatın Azərbaycanda fəaliyyətə başlaması alimlərimizin kosmik texnika və texnologiyalardan istifadəsində yeni imkanlar yaratdı, Yer səthinin müasir üsullarla tədqiqi istiqamətində mühüm nailiyyətlər qazanıldı.
1978-ci ildə Heydər Əliyev “Kaspi” Elmi Mərkəzinə, 1980-ci ildə isə təşkilatın tərkibində fəaliyyət göstərən Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ordubad şəhərindəki “Radiofiziki Cihazqayırma Xüsusi Konstruktor Bürosu”na baş çəkmişdir.
29 sentyabr 1981-ci ildə “Kaspi” Elmi Mərkəzinin bazasında Milli Elmlər Akademiyasının nəzdində Kosmik Tədqiqatlar Elm-İstehsalat Birliyi (KT EİB) yaradılmışdır. KT EİB 1985- 1992-ci illərdə SSRİ ÜmumiMaşınqayırma Nazirliyinin tabeliyində fəaliyyət göstərmişdir. Kosmik fəzanın öyrənilməsi sahəsində dövlət siyasətini həyata keçirmək, milli aerokosmik proqramları hazırlayıb yerinə yetirmək, başqa dövlətlərlə birlikdə həyata keçirilən beynəlxalq kosmik layihələrə dair işləri əlaqələndirmək və idarə etmək, bu sahədə olan elm və istehsal potensialından Respublikanın iqtisadiyyatının və təhlükəsizliyinin xeyrinə səmərəli istifadə etmək məqsədilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 21 fevral 1992-ci il tarixli Fərmanı ilə Kosmik Tədqiqatlar Elm-İstehsalat Birliyinin əsasında Azərbaycan Milli Aerokosmik Agentliyi yaradılmışdır. MAKA 2003-cü ilə qədər Azərbaycan Respublikasının Dövlət Xüsusi Maşınqayırma və Konversiya Komitəsinin tabeliyində öz fəaliyyətini davam etdirmiş və yenidən Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının tabeliyinə verilmiş, 2006-cı ilə qədər həmin strukturun tərkibində fəaliyyət göstərmişdir.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 27 sentyabr 2006-cı il tarixli Fərmanı ilə MAKA Azərbaycan Respublikasının Müdafiə Sənayesi Nazirliyinin (MSN) tabeliyinə verilmiş və hal-hazırda həmin nazirliyin tabeliyində fəaliyyət göstərir.