Agentliyin əsas missiyası Azərbaycan Respublikasının Milli Təhlükəsizlik Konsepsiyasına və Hərbi Doktrinasına, “Dövlət Müdafiə Sifarişi Proqramı”na, “Azərbaycan Respublikasında kosmik sənayenin yaradılması və inkişafı üzrə Dövlət Proqramı”na, “Azərbaycan Respublikasında peyk vasitəsilə Yerin məsafədən müşahidəsi xidmətlərinin inkişafına dair Dövlət Proqramı”na, “Azərbaycan Respublikasında elmin inkişafı üzrə Milli Strategiya”ya və “Azərbaycan Respublikasında təhsilin inkişafı üzrə Dövlət Strategiya”sına müvafiq olaraq kosmik fəzanın elmi cəhətdən öyrənilməsi sahəsində elmi-texniki siyasətin formalaşdırılmasını, bu sahədə aparılan fundamental və tətbiqi tədqiqatların koordinasiyasını, aviasiya və kosmik texnikanın yaradılmasını, cihazqayırma, müdafiə və təhlükəsizlik sahəsində dövlət sifarişlərinin yerinə yetirilməsini, xidmətlərin göstərilməsini, kosmik fəzanın imkanlarından ölkə iqtisadiyyatının inkişafında istifadə olunmasını, dövlətlərarası birgə aerokosmik proqramların, layihələrin və sazişlərin icrasını, bu sahədə beynəlxalq konvensiyaların hazırlanmasını, aerokosmik xidmətlərin dünya bazarına çıxarılmasını, aerokosmik elm və texnikanın müvafiq sahələrində yüksək ixtisaslı mütəxəssislərin hazırlanmasını, təkrar hazırlıq keçməsini təşkil və təmin etməkdən ibarətdir.