Milli Aerokosmik Agentliyi(MAKA) Respublikamızın aparıcı elm-tədris müəssisələri ilə əlaqələrin inkişaf etdirilməsi daim diqqət mərkəzində saxlanılır, Milli Aviasiya Akademiyasının, Azərbaycan Texniki Universitetinin(AZTU), Azərbaycan Dövlət Neft və Sənayesi Universitetinin tələbələrinin Agentliyimizdə istehsalat, elmi-tədqiqat və diplomqabağı təcrübələri təşkil olunur.
2020-ci ildə MAKA və Azərbaycan Texniki Universiteti arasında əməkdaşlıq əlaqələri daha da genişlənmiş, elmi-pedaqoji sferada kadr mübadiləsi sürətlənmiş, Universitetdə “Xüsusi əməliyyat texnologiyaları” ixtisası üzrə yaradılmış Dissertasiya Şurasının tərkibinə MAKA-nın professorları daxil edilmiş, mütəxəssislərimiz pedaqoji fəaliyyətə cəlb olunmuşlar. MAKA-nın mütəxəssisləri Universitetin Dövlət İmtahan Komissiyasında rəhbər kimi iştirak etmiş, magistr dissertasiyalarına rəhbərlik etmişlər. Universitetinin tələbələrinin MAKA-da elmi-tədqiqat və istehsalat təcrübələrinin keçməsi, buraxılış işlərinin və magistr dissertasiyalarının yerinə yetirilməsi üçün tədbirlər həyata keçirilməkdədir. Hazırda birgə tədqiqat sferasının müəyyənləşdirilməsi və müştərək kafedraların yaradılması istiqamətində müzakirələr aparılır.
1993-cü ildən etibarən MAKA ilə Azərbaycan Respublikası Dövlət Neft Şirkətinin (SOCAR) strukturuna daxil olan təşkilatlar arasında əməkdaşlıq əlaqələri yaradılmış, Agentliyin Kosmik Cihazqayırma Təcrübi Zavodunda neft-qaz sənayesi üçün müxtəlif çeşidli məhsullar istehsal olunaraq sifarişçilərə təhvil verilmişdir.
Ötən illərdə MAKA ilə Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyinin (ETSN) strukturuna daxil olan təşkilatlar arasında əməkdaşlıq əlaqələri yaradılmış, Milli Hidrometeorologiya Departamentinin sifarişinə əsasən MAKA-nın Elmi-Tədqiqat Aerokosmik İnformatika İnstitutunun (ETAİİ) əməkdaşları tərəfindən suyun səviyyəsini və axın sürətini, küləyin istiqamətini və sürətini, atmosfer yağıntılarının çöküntülərini ölçən qurğular yaradılmış və hazırda da istismar olunmaqdadır.